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Trabajos dirigidos/tutorías

NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL, Sistema de clasificación de péptidos antibacterianos utilizando máquinas de soporte vectorial  UNIVERSIDAD INDUSTRIAL DE SANTANDER  Estado: Tesis concluida  Ingeniería de Sistemas  ,2012,  . Persona orientada: Francy Liliana Camacho  , Dirigió como: Coturor/asesor,  meses  

RODRIGO TORRES, NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL, Análisis del potencial de disrupción de membranas y estabilidad de péptidos catiónicos antimicrobianos por simulaciones de dinámica molecular  UNIVERSIDAD INDUSTRIAL DE SANTANDER  Estado: Tesis concluida  Biología  ,2013,  . Persona orientada: Daniel Camilo Osorio Hurtado  , Dirigió como: Coturor/asesor,  meses  

DANIEL ALFONSO SIERRA BUENO, NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL, Creación de un ensamble de clasificadores para el manejo del desbalanceo de datos en procesos de clasificación de péptidos  UNIVERSIDAD INDUSTRIAL DE SANTANDER  Estado: Tesis concluida  Maestría en Ingeniería Electrónica  ,2013,  . Persona orientada: Carlos Mauricio Lastre Dominguez  , Dirigió como: Coturor/asesor,  meses  
Areas:
Ingeniería y Tecnología -- Ingenierías Eléctrica, Electrónica e Informática -- Ingeniería Eléctrica y Electrónica,

NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL, Análisis Y Diseño De Técnicas De Procesamiento Digital De Imágenes Basado En Color E Implementadas En Un Sistema De Reconocimiento Facial  UNIVERSIDAD INDUSTRIAL DE SANTANDER  Estado: Tesis concluida  Ingeniería de Sistemas  ,2010,  . Persona orientada: Beatriz Omaira Pedraza Pico  , Dirigió como: Coturor/asesor,  meses  

MIGUEL ORLANDO SUAREZ BARRERA, NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL, NOHORA JULIANA RUEDA FORERO, Diseño de nuevas parasporinas tipo PS2Aa1 por biología computacional, con potencial de unión posiblemente mejorado al receptor de membrana aminopeptidasa N  UNIVERSIDAD DE SANTANDER  Estado: Tesis concluida  Microbiología Industrial  ,2019,  . Persona orientada: Wilmer Darío Barajas Mayorga  , Dirigió como: Tutor principal,  meses  
Areas:
Ciencias Médicas y de la Salud -- Biotecnología en Salud -- Biotecnología Relacionada con la Salud,

NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL, Identificación de moléculas naturales con potencial actividad antibacteriana, contra bacterias gram positivas, a través del análisis in silico de propiedades fisicoquímicas de dos librerías de compañías químicas  UNIVERSIDAD DE SANTANDER  Estado: Tesis concluida  Maestría en Investigación en Enfermedades Infecciosas  ,2017,  . Persona orientada: Frank Leandro Cortes Gómez  , Dirigió como: Tutor principal,  meses  
Areas:
Ciencias Médicas y de la Salud -- Ciencias de la Salud -- Enfermedades Infecciosas, Ciencias Médicas y de la Salud -- Biotecnología en Salud -- Biotecnología Relacionada con la Salud,

NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL, NOHORA JULIANA RUEDA FORERO, JULIO CESAR PLATA GONZALEZ, Filtrado (screening) computacional de moléculas que interactúan con gingipaina de Porphyromonas gingivalis como estrategia en el tratamiento de periodontitis  UNIVERSIDAD DE SANTANDER  Estado: Tesis concluida  Maestría en Investigación en Enfermedades Infecciosas  ,2018,  . Persona orientada: Claudia Patricia Hurtado González  , Dirigió como: Tutor principal,  meses  
Areas:
Ciencias Médicas y de la Salud -- Biotecnología en Salud -- Biotecnología Relacionada con la Salud,

NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL, Optimización del proceso de distribución urbana de envíos en el área metropolitana de Bucaramanga mediante el uso de TICs con el fin de mejorar la satisfacción del cliente - Caso de estudio: Servicios Postales Nacionales S.A. Regional Oriente  UNIVERSIDAD DE SANTANDER  Estado: Tesis en curso  Maestría en Gestión de Ciencia, Tecnología e Innovación  ,2017,  . Persona orientada: Juan Sebastián González Camargo  , Dirigió como: Tutor principal,  meses  

Jurado en comités de evaluación

NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL, Titulo: Desarrollo de material didáctico para la asignatura arquitectura de computadores basado en la plataforma SIE: estructura y funcionamiento del procesador Tipo de trabajo presentado: Trabajo de grado/tesis en:  UNIVERSIDAD INDUSTRIAL DE SANTANDER  programa académico Ingeniería Electrónica  Nombre del orientado: Pedro Abel Vargas Prieto  

NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL, Titulo: Metodología para la generación de péptidos sintéticos antimicrobianos usando aprendizaje profundo y algoritmos de clasificación Tipo de trabajo presentado: Proyecto de grado/Tesis en:  UNIVERSIDAD NACIONAL DE COLOMBIA SEDE MEDELLÍN  programa académico Maestría en Ingeniería - Ingeniería de Sistemas  Nombre del orientado: Andrés Vélez Echeverri  

NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL, Titulo: Estrategia para mejorar la efectividad de la gestión de beneficios administrativos y judiciales de la población reclusa de la penitenciaria de Girón mediante el uso de una plataforma web Tipo de trabajo presentado: Trabajo de grado/tesis en:  UNIVERSIDAD DE SANTANDER  programa académico Maestría en Gestión Pública y Gobierno  Nombre del orientado: Jorge Alirio Barrera Nossa  

NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL, Titulo: Desarrollo de un programa para aumentar la tasa de empresarios establecidos en el ecosistema de emprendimiento en santander mediante el uso y aprovechamiento de una plataforma web Tipo de trabajo presentado: Trabajo de grado/tesis en:  UNIVERSIDAD DE SANTANDER  programa académico Maestría en Gestión Pública y Gobierno  Nombre del orientado: Diana Marcela Flórez Díaz  

Participación en comités de evaluación

NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL, Comité Científico del VII Congreso Latinoamericano de Ingenieria Biomédica
en:   

Par evaluador

Ámbito: Nacional  Par evaluador de: Proyecto  Institución: Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación - Minciencias,  2020,  Abril  

Ámbito: Nacional  Par evaluador de: Proyecto  Institución: Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación - Minciencias,  2020,  Abril  

Ámbito: Nacional  Par evaluador de: Proyecto  Institución: Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación - Minciencias,  2020,  Abril  

Ámbito: Nacional  Par evaluador de: Proyecto  Institución: Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación - Minciencias,  2020,  Abril  

Eventos científicos

Generación de contenido virtual

Nombre Contenidos virtuales del proyecto de investigación Docking molecular en la búsqueda de inhibidores potenciales de la oligomerización de alpha-sinucleína en la enfermedad de Parkinson  TipoProducción técnica - Contenido Virtual - Micrositio,  en 2018-06-01 00:00:00.0   disponible en http://biocom.udes.edu.co/alpha/   Descripción:En el micrositio web se pueden encontrar los resultados de docking molecular de las moléculas analizadas tanto con la alpha-sinucleína nativa, como cona las mutantes A30P, A53T y E46K.

Artículos

BEATRIZ OMAIRA PEDRAZA PICO, NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL, HENRY ARGUELLO FUENTES, "Sistema de reconocimiento facial basado en imágenes con color" . En: Colombia 
Uis Ingenierías  ISSN: 1657-4583  ed: Cefac Universidad Industrial De Santander
v.10 fasc.2 p.10 - ,2011,  DOI: 

JORGE A GUTIERREZ, NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL, NATHALIA ANDREA JONES CIFUENTES, CLAUDIA CRISTINA ORTIZ LOPEZ, JENNIFFER CRUZ LAITON, "Small gold nanocomposites obtained in reverse micelles as nanoreactors. Effects of surfactant, optical properties and activity against Pseudomonas aeruginosa" . En: Francia 
New Journal of Chemistry  ISSN: 1144-0546  ed: Royal Society of Chemistry
v.40 fasc.N/A p.10432 - 10439 ,2016,  DOI: 10.1039/c6nj02259f

YULY ANDREA PRADA VARGAS, FANNY GUZMAN QUIMBAYO, NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL, PATRICIA ESCOBAR, CLAUDIA CRISTINA ORTIZ LOPEZ, DANIEL ALFONSO SIERRA BUENO, ENRIQUE MEJIA OSPINO, "A new synthetic peptide with antibacterial potential in vitro against Escherichia coli O157:H7 and Methicilin resistant Staphylococcus aureus (MRSA)" . En: Estados Unidos 
Probiotics and Antimicrobial Proteins  ISSN: 1867-1306  ed: Springer Netherlands
v.8 fasc.3 p.134 - 140 ,2016,  DOI: 10.1007/s12602-016-9219-9

DANIEL OSORIO, NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL, RODRIGO TORRES, "Peptides: A package for Data Mining of Antimicrobial Peptides" . En: Estados Unidos 
R Journal  ISSN: 2073-4859  ed: R Foundation for Statistical Computing
v.7 fasc.1 p.4 - 14 ,2015,  DOI: 10.32614/RJ-2015-001

EFRAIN HERNANDO PINZON REYES, DANIEL ALFONSO SIERRA BUENO, MIGUEL ORLANDO SUAREZ BARRERA, NOHORA JULIANA RUEDA FORERO, SEBASTIAN MAURICIO ABAUNZA VILLAMIZAR, NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL, "Generation of Cry11 Variants of Bacillus thuringiensis by Heuristic Computational Modeling" . En: Nueva Zelanda 
Evolutionary Bioinformatics  ISSN: 1176-9343  ed: Libertas Academica
v.16 fasc.N/A p.1 - 14 ,2020,  DOI: 10.1177/1176934320924681
Palabras:
Heuristics, Directed molecular evolution, Protein engineering,

NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL, DANIEL ALFONSO SIERRA BUENO, RODRIGO TORRES, "Machine Learning in the Rational Design of Antimicrobial Peptides" . En: Países Bajos 
Current Computer-Aided Drug Design  ISSN: 1573-4099  ed: Bentham Science Publishers
v.10 fasc.3 p.183 - 190 ,2014,  DOI: 10.2174/1573409910666140624124807

WILLIAM OMAR CONTRERAS LOPEZ, NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL, "Identification of potential natural neuroprotective molecules for Parkinson's disease by using chemoinformatics and molecular docking" . En: Países Bajos 
Journal Of Molecular Graphics '&' Modelling  ISSN: 1093-3263  ed: Elsevier Bv
v.97 fasc.N/A p.107547 - ,2020,  DOI: 10.1016/j.jmgm.2020.107547
Palabras:
Neuroprotective, Neurotoxic, α-synuclein, Chemoinformatics, Molecular docking, Parkinson,

NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL, "Ib-M6 Antimicrobial Peptide: Antibacterial Activity against Clinical Isolates of Escherichia coli and Molecular Docking" . En: Suiza 
Antibiotics  ISSN: 2079-6382  ed: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
v.9 fasc.79 p.1 - 13 ,2020,  DOI: 10.3390/antibiotics9020079
Palabras:
Antimicrobial peptides, Escherichia coli, Molecular docking,

EFRAIN HERNANDO PINZON REYES, WILLIAM ARMANDO ALVAREZ ANAYA, NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL, HERNAN GUILLERMO HERNANDEZ HINCAPIE, "Softepigen: Primers design web-based tool for MS-HRM technique" . En: Estados Unidos 
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics  ISSN: 1545-5963  ed: IEEE Computer Society Press
v.N/A fasc.N/A p.1 - 6 ,2018,  DOI: 10.1109/TCBB.2018.2867600

NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL, EFRAIN HERNANDO PINZON REYES, "Computer Aided Design of non-Toxic Antibacterial Peptides." . En: Emiratos Árabes Unidos 
Current Topics in Medicinal Chemistry  ISSN: 1873-4294  ed: Bentham Science Publishers
v.18 fasc.N.A. p.1 - 9 ,2018,  DOI: 10.2174/1568026618666180719163251

JENIFFER CRUZ LAITON, NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL, RODRIGO TORRES, MAURICIO URQUIZA MARTINEZ, FANNY GUZMAN QUIMBAYO, CLAUDIO ALVAREZ, MARIA A ABENGOZAR, DANIEL ALFONSO SIERRA BUENO, LUIS RIVAS, ROBERTO FERNANDEZ LAFUENTE, CLAUDIA CRISTINA ORTIZ LOPEZ, "Design of Bactericidal Peptides Against Escherichia coli O157:H7, Pseudomonas aeruginosa and methicillin-resistant Staphylococcus aureus" . En: Emiratos Árabes Unidos 
Medicinal Chemistry  ISSN: 1573-4064  ed: Bentham Science Publishers
v.14 fasc.7 p.741 - 752 ,2018,  DOI:  10.2174/1573406414666180508120024

Textos en publicaciones no científicas

NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL, DANIEL ALFONSO SIERRA BUENO, RODRIGO TORRES, "Classification of antimicrobial peptides by using the p-spectrum kernel and support vector machines" En: Suiza. 2014. Advances In Intelligent Systems And Computing. ISSN: 2194-5365 p.155 - 158 v.232

DANIEL OSORIO, NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL, RODRIGO TORRES, "Stability analysis of antimicrobial peptides in solvation conditions by molecular dynamics" En: Suiza. 2014. Advances In Intelligent Systems And Computing. ISSN: 2194-5365 p.127 - 130 v.232

JENNIFER RUIZ, JHON CALDERON, NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL, RODRIGO TORRES, "Analysis of structure and hemolytic activity relationships of antimicrobial peptides (AMPs)" En: Suiza. 2014. Advances In Intelligent Systems And Computing. ISSN: 2194-5365 p.253 - 256 v.232

Softwares

NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL, HENRY ARGUELLO FUENTES, JUAN CARLOS MALDONADO BELTRAN, ESDRAS 1.0 - Software para el procesamiento de señales EKG, EEG, EOG obtenidas en pruebas de Stroop, Nombre comercial: , contrato/registro: , . En: Colombia,  ,2008,  .plataforma: Matlab,  .ambiente: Windows,
Palabras:
Electrocardiografía, Electroencefalografía, Electrooculografía, Transformada wavelet,
Areas:
Ingeniería y Tecnología -- Ingeniería Médica -- Ingeniería Médica,
Sectores:
Salud humana - Desarrollo de productos tecnológicos para la salud humana,

EFRAIN HERNANDO PINZON REYES, NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL, HIDDEN (HEURISTICS DIRECTED EVOLUTION), Nombre comercial: , contrato/registro: , . En: Colombia,  ,2018,  .plataforma: Linux, Python 3.5, Formato Txt para el ingreso de las secuencias de ADN.,  .ambiente: ,
Palabras:
Barajado de ADN, Modelos Heurísticos,

EFRAIN HERNANDO PINZON REYES, NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL, MUTPROT (MUTATION OF PROTEINS), Nombre comercial: , contrato/registro: , . En: Colombia,  ,2018,  .plataforma: Linux, Python 3.5, Formato Txt para el ingreso de la secuencia de aminoácidos de la proteína nativa.,  .ambiente: ,
Palabras:
Descriptores moleculares, Mutación de proteínas,

NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL, PROPI (PROTEIN-PROTEIN INTERACTIONS), Nombre comercial: , contrato/registro: , . En: Colombia,  ,2019,  .plataforma: ,  .ambiente: ,

Innovación de proceso o procedimiento

NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL, JENIFFER CRUZ LAITON, DANIEL ALFONSO SIERRA BUENO, RODRIGO TORRES, CLAUDIA CRISTINA ORTIZ LOPEZ, Péptidos catiónicos y sus análogos que exhiben un amplio espectro de actividad antimicrobiana y antiparasitaria con baja actividad hemolítica, Nombre comercial: , contrato/registro: , . En: Colombia,  ,2017, 

NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL, JENNIFFER CRUZ LAITON, DANIEL ALFONSO SIERRA BUENO, RODRIGO TORRES, CLAUDIA CRISTINA ORTIZ LOPEZ, Péptidos catiónicos sintéticos con actividad antimicrobiana antiparasitaria y hemolítica, Nombre comercial: , contrato/registro: , . En: Colombia,  ,2017, 

Informes de investigación

NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL, Informe Final de Proyecto . En: ,  ,2018, 

Proyectos

Tipo de proyecto: Investigación y desarrollo 
Desarrollo de una herramienta software para el análisis de interacciones proteína ¿proteína. Caso de estudio: Parasporina PS2Aa1 ¿ Aminopeptidasa N
Inicio: Febrero  2019 Duración 
Resumen

Tipo de proyecto: Investigación y desarrollo 
Determinación de la Interacción molecular de la Kisspeptina10 y su receptor KissR asociado
Inicio: Agosto  2018 Duración 
Resumen

En los últimos años, el diseño de medicamentos se ha visto altamente impactado debido al descubrimiento del fenómeno del agonismo tendencioso, en donde dependiendo de la molécula y la forma de unión a un blanco específico, la vía de señalización que se activa puede ser una u otra. Es por esto, que la función del sistema kisspeptina es de gran interés científico debido a su participación en diversos tipos de cáncer. En el presente proyecto, se propone hacer uso de herramientas computacionales que permitan estudiar las posibles interacciones moleculares que ocurren entre la kisspeptina10 y el receptor KissR con el objetivo de proponer posibles explicaciones de su agonismo tendencioso. Los resultados que se obtengan en el presente proyecto podrán ser de gran utilidad para aquellos científicos que trabajan en el diseño e identificación de moléculas que puedan ser agonistas tendenciosos del receptor KissR

Tipo de proyecto: Investigación y desarrollo 
Modelo Heurístico para asistir técnicas de barajado de ADN con genes Cry11 de Bacillus thuringiensis
Inicio: Enero  2017 Fin: Julio  2018 Duración 
Resumen

Los modelos in silico descritos para simular procesos de evolución dirigida emplean parámetros que van desde el uso de la termodinámica (modelos estocásticos) hasta los que analizan las raíces comunes de la computación evolutiva y algoritmos genéticos (modelos heurísticos). En el caso de genes cry de Bacillus thuringiensis, el grupo de Biología Molecular y Biotecnología ha venido diseñando e implementando un modelo in silico empleando el método estocástico para ensamblar genes cry11 con la finalidad de construir proteínas con mayor actividad tóxica contra vectores del virus del Dengue y Chincungunya. Sin embargo, el comportamiento termodinámico-estructural sumado al papel de las estructuras secundarias de ADN de los genes cry11 en el modelo estocástico, no permite la inclusión de restricciones por lo que limita la profundidad en el análisis y su incidencia en la eficiencia de una librería genéticamente representativa. Como una primera aproximación, este proyecto se propone desarrollar un modelo heurístico para estudiar la incidencia de la formación de estructuras secundarias de ADN y la obtención de librerías que puedan ser comparadas con las obtenidas por el modelo estocástico, mediante la inclusión de restricciones. Para ello se desarrollarán algoritmos que se validarán mediante análisis in silico comparativo con resultados obtenidos mediante un modelo in silico estocástico. El modelo será de utilidad para caracterizar evolutivamente los genes cry11 para la búsqueda de patrones que influyen en la diversidad genética y por ende, crear proteínas con mayor potencial tóxico.

Tipo de proyecto: Investigación y desarrollo 
Caracterización de la actividad anticancerígena de Parasporinas producidas por diferentes cepas de Bacillus thuringiensis (Bt)
Inicio: Abril  2018 Duración 
Resumen

Según la OMS en 2015 se le atribuyeron 8.8 millones de muertes a cáncer. En Colombia entre 2007-2011 se estimaron 148.670 casos de cáncer en hombres y 33.084 casos en mujeres, el cáncer colorrectal se considera como el segundo con más incidencia en la población. Las proteínas parasporales de Bt han sido descritas como potenciales en el control de la proliferación de células cancerígenas; se ha reportado actividad citotóxica PS2 para Caco-2, HeLa, MOLT-4. El laboratorio de Biología Molecular y biotecnología de la UDES, ha trabajado con proteínas Cry de Bt durante 14 años; que sustentan la experiencia para utilizar una proteína parasporal de Bt. Esta propuesta busca, determinar el efecto citotóxico de proteínas parasporales obtenidas de Bt sus mutantes y su actividad en modelos tumorales para cáncer de Colon en células tumorales y sus controles normales. Para lograrlo se partirá de la proteína PS2Aa, por información científica y análisis de bioinformática estructural se determinará regiones susceptibles a mutación, desarrollando una estrategia de mutagénesis con librería de fagos, posterior a esto se tamizarán aquellos mutantes de interés, se analizarán sus actividades citotóxicas, estimando CL50, se establecerá la viabilidad de las células, se medirá caspasa 3 y 7, ensayos con Anexina V y yoduro de propidio, análisis para determinar citotoxicidad, estudbios de interacción entre parasporina-receptor y por último la aplicación de herramientas de Biología estructural. Se espera obtener información preponderante de la relación estructura-función para la Parasporina 2Aa.

Tipo de proyecto: Investigación y desarrollo 
Docking molecular en la búsqueda de inhibidores potenciales de la oligomerización de alpha-sinucleína en la enfermedad de Parkinson
Inicio: Agosto  2017 Fin: Julio  2018 Duración 
Resumen

Hoy en día se ha logrado identificar que la proteína α-sinucleína participa de forma determinante en el desarrollo de la enfermedad de Parkinson. Esta proteína actúa mediante un proceso de agregación denominado oligomerización y es el objetivo de esta investigación explorar mediante las técnicas de docking molecular un amplio conjunto de compuestos químicos, de los cuales se espera existan candidatos que logren inhibir dicho proceso. Como resultado de la investigación se obtendrán los mejores 10 compuestos químicos con potencial de uso farmacológico como neuroprotectores

Tipo de proyecto: Investigación y desarrollo 
Identificación de compuestos naturales con alta afinidad con alta afinidad con los blancos ZEB1/SOX2/Olig2 involucrados en el desarrollo de cáncer de cerebro
Inicio: Agosto  2017 Duración 
Resumen

En la actualidad no existe un tratamiento contra el cáncer de cerebro que sea altamente efectivo y que esté enfocado en atacar las células madre cancerosas responsables de la generación, progreso y desarrollo de resistencia de los tumores cerebrales. Este proyecto de investigación busca identificar compuestos naturales que a nivel computacional utilizando, la técnica de docking molecular, muestren una alta afinidad con los blancos ZEB1/SOX2/Olig2 los cuales se cree están relacionados con la formación y desarrollo de estos tumores. Entre los resultados esperados de este proyecto se encuentran la identificación de posibles sitios activos para cada uno de los blancos y la selección de los 15 compuestos con los mejores valores de afinidad para cada uno de los blancos. Adicionalmente, los resultados de este proyecto servirán como insumo a futuros proyectos de investigación que busquen diseñar nuevas moléculas utilizando la información de los posibles sitios activos y los compuestos que presentaron gran afinidad, y proyectos en la parte experimental que permitan corroborar los valores de afinidad obtenidos en la parte computacional.